أوميبرازول هو مثبط ضخ البروتون يستخدم لعلاج أمراض مثل مرض الارتجاع المعدي المريئي (GERD)، المستخدم في قرحات المعدة والأجنال الاثني عشر، والارتجاع أو التهاب المريء القشدي القشدي، ومتلازمة زولينجر-إليسون. كما أنه فعال بالنسبة إلى قرحات المعدة والأجنال غير الفعالة مع مضادات مستقبلات H2.
يمكن استخدام أوميبرازول أيضًا في: نزيف معوي واحد، مثل نزيف القرحة الهضمية والقرحة الأناستيومائية، والوقاية من الأمراض الخطيرة (مثل النزيف الدماغي، والصدمات الحادة، وما إلى ذلك) وجراحة المعدة التي يسببها النزيف المعوي العلوي؛ وتلف كوسيحي حاد في المعدة بسبب الإجهاد المعقد أو العقاقير المضادة للالتهاب غير الستيرويدية؛ 3 مرضى تخدير عام أو ما بعد الجراحة أو مرضى الغيبوبة، لمنع ارتداد الحمض والالتهاب الرئوي المطمحي؛ 4 مع اموكسيسيلين وكلاريثرومايسين، أو مع ميتروندازول وكلاريثرومايسين، يمكنها أن تقتل بشكل فعال أبراج هيليكبكتر (HP).