FCoV é um vírus do trato gastrointestinal. A maioria das infecções é assintomática ou causa diarréia, especialmente em gatinhos, pois o anticorpo derivado materalmente diminui entre 5 e 7 semanas de idade. O vírus é uma mutação do COV entérico felino (FECV). Do intestino, o vírus sofre muito brevemente uma fase sistêmica, antes de retornar ao intestino onde é derramado nas fezes. A patogênese da FIP é complexa. Existe um consenso geral de que os FIPVs surgem de mutações que lhes permitem entrar ou replicar com mais sucesso em monócitos (um tipo de célula de sangue branco). No entanto, muitos aspectos das interações vírus-hospedeiro que afetam a doença permanecem incertos, como os fatores que influenciam a forma da doença (úmida ou seca), o desfecho (morte ou resistência) e a susceptibilidade do hospedeiro.
FCoV é comum em locais onde grandes grupos de gatos são alojados em espaços interiores (como catterias de reprodução, abrigos de animais, etc.). O vírus é derramado em fezes, e os gatos tornam-se infectados por ingering ou inalando o vírus, geralmente compartilhando bandejas de lixo de gato, ou pelo uso de conchas de lixo contaminadas ou escovas transmitindo partículas de lixo de gato microscópico infectadas para gatos e gatinhos não infectados. FCoV também pode ser transmitida através de diferentes fluidos corporais. O vírus é facilmente espalhado através do contacto directo entre gatos. A forma mais comum de espalhar é através da saliva, como a maioria de casas múltiplas do gato compartilham pratos do alimento e da água. Outra forma importante de espalhar é grooming ou lutar. Quando um gato infectado groms um gato saudável, deixam sua saliva contaminada sobre o pêlo. Mais tarde, quando o gato saudável vai ao grroom eles mesmos, ingeriram a saliva contaminada e tornam-se então infected.